上海申请食品经营许可证的流程和资料目录如下：

一、流程：

1. 准备相关材料，包括营业执照、组织机构代码证、税务登记证、法定代表人（负责人）、食品安全管理人员的身份证证明和培训考核证明等。
2. 准备申请书及相关材料，向当地食品药品监督管理局的办事大厅窗口提交申请。在提交材料前，zuihao咨询相关专业人士，确认材料是否齐全、格式是否正确。
3. 等待审核。审核通过后，会颁发食品经营许可证。

二、资料目录：

1. 营业执照：需提供在有效期内的营业执照，确保申请人的身份合法性。
2. 组织机构代码证：如果企业注册时没有申请组织机构代码，需要到相关部门申请并提交相关材料。
3. 税务登记证：同上，确保在有效期内且是合法取得。
4. 法定代表人（负责人）、食品安全管理人员的身份证证明和培训考核证明：身份证原件及复印件，以及负责人和食品安全管理人员健康合格证明、食品行业从业人员资格培训合格证明等。
5. 经营场所平面图：向相关部门提交平面布局图，标明消毒设备、留样设备放置等位置。
6. 食品安全规章制度：食品安全管理相关的规章制度，包括食品采购、储存、加工、销售等环节的规定，以确保食品的质量和安全。
7. 其他相关材料：根据具体申请事项，可能还需提供其他相关材料。

请注意，以上流程和资料目录可能存在变化，建议在申请前咨询相关部门或专业人士，获取最新、最准确的信息。