上海三类医疗器械经营许可证的办理手续和所需资料清单如下：

1. 申请准备相关资料：根据具体的申请类型，准备相关资料，包括但不限于公司营业执照、法人身份证复印件、房屋租赁合同等。
2. 递交申请：将准备好的资料送到相关部门，提交申请。
3. 现场验收：医疗器械经营许可证的申请在受理后，申请企业将被通知进行现场核查。核查内容包括许可条件和许可管理规范落实情况等。
4. 审核发证：在现场核查通过后，将有相关部门进行审核，审核通过后，将颁发医疗器械经营许可证。

所需资料清单如下：

1. 公司营业执照复印件。
2. 公司组织机构与经营范围，以及各岗位管理人员的基本信息。
3. 公司自查报告，内容包括对现有经营范围、经营方式、供货商及销售产品的审查情况等。
4. 相关部门要求的其他资料。

请注意，具体的要求可能会根据相关部门的不同和实际情况有所变化，建议在申请前咨询专业人士以避免不必要的错误和延误。