上海申办三类医疗器械经营许可证需要准备以下详细资料和审核程序：

所需资料包括：

1. 营业执照复印件；
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件；
3. 组织机构与部门设置说明；
4. 经营范围、经营方式说明；
5. 经营场所、仓库场所的地理位置图、平面布局图，并注明主要设备、设施；
6. 计算机信息管理系统基本情况介绍；
7. 申请材料真实性的自我保证声明。

审核程序包括：

1. 受理：材料不齐或不符合法定形式的，当场或5个工作日内（承诺时限）一次性告知补正内容，并告知申办人一个受理的途径和联系方式。申办人需到现场的，受理人员会当即将现场和申请材料上报，但申办人需要到窗口进行办理。
2. 审核：按照审批标准进行审核，如不符合标准则需要进行整改。
3. 核准：审核完成后报市局审批，如没有问题，会在承诺时间内发放许可证。

总的来说，需要准备的资料和审核程序相对复杂，具体需要参考具体的申办条件及《上海市医疗器械经营企业许可证管理办法》等相关政策进行操作。同时，建议在办理前先咨询专业人士，确保资料的完整和正确。