在上海办理二类医疗器械经营备案，需要准备以下材料：

1. 《第二类医疗器械经营备案申请表》和《企业承诺书》需要加盖公司公章。
2. 营业执照和组织机构代码证复印件（原件备查）。
3. 公司法定代表人或者企业负责人作为第一责任人签署的经营承诺书。
4. 符合条件的执业人员登记表以及身份证复印件（原件备查）。
5. 拟开展的二类医疗器械经营业务、范围、方式及对应范围的说明。
6. 公司内部管理组织、质量安全管理制度等信息资料。
7. 房屋产权证明或租赁合同及出租方产权证明等相关证明文件的复印件（原件备查）。
8. 相关部门批准或者备案证书（如从事体外诊断试剂，还需提供国家食品药品监督管理局批准该产品上市的批准证明）。

在准备相关材料时，有一些注意事项：

1. 所有材料使用A4纸打印，按顺序装订成册（除申请表外不另制档案袋）。
2. 所有复印件需加盖公司公章，原件备查。
3. 申请材料中涉及的自然人（除企业负责人外）身份证上的日期应与办理备案日期相距不超过六个月。
4. 材料中涉及的联系电话应在有效期内，并保证联系方式畅通。
5. 如委托办理，需提供委托书，注明委托内容、权限和有效期，受托人需提供身份证复印件。
6. 若申请材料是外文的，需提供翻译件，并加盖公司公章。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能根据相关部门的要求进行变化，建议咨询相关部门获取具体信息。