上海新办二类医疗器械经营备案需要准备以下材料：

1. 《第二类医疗器械经营企业备案表》5份（现场递交时自带）。
2. 企业工商营业执照复印件1份（申报企业注册地址与经营地址一致）。
3. 企业法定代表人或者负责人资格证明复印件1份（法定代表人或者负责人有单位的还需提供任命文件） 。
4. 合格的委托书原件（按照第六条款要求办理）。
5. 经营场地、库房地址的证明文件，租赁合同复印件等。
6. 经营设施设备清单及企业人员花名册。

上海新办二类医疗器械经营备案的流程如下：

1. 确保所有材料准备齐全。
2. 在上海市市场监督管理局网站进行登记备案，填写相关信息。
3. 递交准备好的材料，按照办事窗口的要求签署相关文件。
4. 缴纳相关费用。
5. 领取二类医疗器械经营备案证明。

以上信息仅供参考，具体流程和所需时间可能会根据不同的情况有所变化，建议咨询相关部门获取具体信息。