在上海申请预包装食品销售备案，可以按照以下流程和材料进行操作：

流程：

1. 经营者向经营主体登记机关提出书面申请，并提交相关材料。
2. 登记机关审查申请材料，材料齐全、符合法定形式的，当场作出准予登记的决定；材料不全、不符合法定形式的，应当当场或者在五日内一次告知申请人需要补正的材料。
3. 经营者完成办理预包装食品备案登记后，领取由上海市市场监督管理局制定的《食品经营许可证》。

需要准备的材料：

1. 营业执照或法人登记证等主体证明文件。
2. 经营主体的法定代表人(负责人)的身份证明文件。
3. 食品安全管理人员名单和身份证复印件。
4. 申请备案的预包装食品在门店内的图片和销售凭证。
5. 其他可能需要的材料，例如食品安全管理制度、应急预案、验收报告等。

以上信息仅供参考，建议咨询相关部门获取具体流程和材料。