上海医疗器械经营许可证的办理需要准备以下资料和流程：

**资料**：

1. 营业执照：法人身份证、工商营业执照副本
2. 组织机构代码证：企业组织机构代码证
3. 验资报告：有验资报告，按规范书写真实金额。
4. 股东协议：为股东之间共同出资协议，是必备的注册材料。
5. 法定代表人登记表：包括相关信息、签字等。
6. 安全生产管理制度文本：医疗器械经营企业应当具有符合医疗器械产品特点的销售模式，以及销售、储存、陈列等各个管理环节的风险管理措施。
7. 科室清单：销售医疗器械所必须的科室，如质量管理部门、采购部门等。

**流程**：

1. **向所在地设区的市级负责药品监督管理的部门提出申请**。
2. **提交齐全、有效的申请材料**。
3. **等待审核结果**。
4. **审核通过后，领取医疗器械经营许可证**。

注意：办理医疗器械经营许可证前，需要先进行备案，医疗器械经营许可证的办理流程和材料可能因地区而异，建议先咨询当地相关部门获取具体信息。