上海医疗器械经营许可证新办流程通常包括以下几个步骤，以及相关材料须知：

1. 准备相关材料：包括营业执照复印件、法人代表身份证复印件、生产设备平面布局图、质量管理制度文件等。
2. 填写申请表格：根据要求填写并提交《医疗器械经营许可证》申请表，可能需要提交至少3份。
3. 现场审查：由监管部门对申请企业进行现场审查。确保申请企业的经营场所、设备和文件符合相关法规和标准。
4. 审核与发证：如果申请被批准，将由上海市相关部门颁发《医疗器械经营许可证》。

在准备相关材料时，需要注意以下几点：

1. 所有复印件都需要加盖公章。
2. 申请表格需要如实填写，字迹必须清晰。
3. 相关材料和申请表格应准备齐全，以免在提交申请时延误时间。

另外，具体流程和时间可能会因地区和特定要求而有所不同，所以建议直接咨询相关部门以获取详细信息。同时，也可以参考上海市市场监督管理局的相关网站和文件，以获取最准确的信息。