上海申请二类医疗器械许可证的详细指南和流程材料如下：

一、详细指南：

1. 确定公司注册地址，并向上海相关部门提交地址证明材料。
2. 准备相关证件材料并填写申请表，其中包括公司营业执照副本复印件、法定代表人身份证明、医疗器械相关专业人员职称证明、设施设备清单等。
3. 提交申请后，等待审核结果。一般而言，相关部门会在30个工作日内给出答复。
4. 获得许可机构批准后，即可开始运营，并随时接受监督。

二、流程材料：

1. 确认地址证明材料（如租赁合同或产权证明等）。
2. 公司营业执照副本复印件。
3. 法定代表人身份证明（身份证原件及复印件）。
4. 预包装医疗器械经营许可/备案/登记申请表，需填写并加盖公章。
5. 企业负责人员职称证明和保管人员的岗位证书。
6. 设施和设备清单，需要详细列出所有必要的设施和设备，并注明其型号和用途。
7. 其他相关证明材料，如医疗器械质量管理制度文件等。

请注意，以上信息仅供参考，具体流程和材料可能因地区差异而有所不同。建议咨询当地相关部门以获取更准确的信息。