上海申办二类医疗器械经营备案的步骤如下：

1. 确定公司名称、注册地址、注册资金以及业务范围等，并填写申请表格。
2. 找到当地的食品药品监督管理局的相关人员，申请并获取《医疗器械经营许可证》（注意：部分地区可能有所差异）。
3. 提交申请资料，等待审核。

需要审核的资料通常包括：

1. 营业执照原件及复印件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明原件及复印件。
3. 组织机构与部门设置说明。
4. 经营范围、经营方式说明。
5. 经营设施、设备目录。
6. 经营质量管理制度、工作程序等文件目录。
7. 经办人身份证明复印件。
8. 其他根据《医疗器械监督管理条例》规定需要审核的资料。

具体审核要求可能根据不同的监管部门和地区有所变化，建议办理前咨询相关部门。同时，办理时需要注意有些医疗器械是不允许转让的，这点也需要特别注意。如果公司有开展三类医疗器械业务，只能单独申请三类医疗器械经营许可证，不能和二类医疗器械业务捆绑申请。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。