申请上海医疗器械三类经营许可证需要准备以下资料：

1. 《医疗器械经营企业许可证申请表》电子版。
2. 工商营业执照和组织机构代码证复印件。
3. 经营场地、仓库场所的证明文件，租赁合同等。
4. 经营场地、仓库设施与布局图。
5. 质量管理人员的相关材料。
6. 法定代表人、企业负责人、质量管理人员的相关学历、职称、执业资格或注册证书复印件。
7. 相关专业技术人员的职称证书复印件、在职人员学历证明等。
8. 组织机构与质量管理制度文件，岗位职责说明。
9. 授权委托书原件（委托代理申请）。

准备好以上资料后，按照以下流程进行申请：

1. 向上海市市场监督管理局提交申请，并按照要求提供相关资料。
2. 上海市市场监督管理局受理申请后，进行资料审查，并组织现场审查验收。
3. 现场审查验收合格后，由上海市市场监督管理局作出准予许可的决定，并颁发医疗器械经营许可证。
4. 在领取医疗器械经营许可证后，需要到工商部门办理相应的登记手续。

以上信息仅供参考，具体流程和所需资料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。