上海房地产经纪机构备案申请流程如下：

1. 准备相关材料。包括公司执照、法人及经办人身份证、房地产经纪机构备案申请表、公司章程、股东会或董事会决议、股东资质材料、业务管理制度、信息管理相关制度、机构设置部门设置人员资料、房地产经纪人证书及相关人员身份证、机构信用代码证书、企业法人营业执照等。
2. 向各城区统一受理窗口提交申请材料，或线上提交申请材料。
3. 提交完成后，等待相关部门审核。

审核通过后，将获得备案证书和房地产经纪机构备案证书编码牌。

总的来说，办理房地产经纪机构备案需向上海市房地产经纪行业协会提出申请，并按要求提供上述所需材料。

以上内容仅供参考，建议在办理过程中详细阅读并遵循相关申请流程和材料准备要求。