在上海设立三类医疗器械经营许可证需要按照以下步骤和要求进行：

1. 准备相关材料：包括企业法人营业执照、经营场地、经营设施等资料，这些资料需要符合相关规定并加盖公章。
2. 提交申请：将准备好的材料提交到上海市市场监督管理局，申请三类医疗器械经营许可证。需要提交的申请材料可能包括医疗器械经营许可证申请表、经营场所和仓库的场地和设施、组织架构和管理制度、产品质量管理制度、专业技术人员证书和复印件等。
3. 现场验收：上海市市场监督管理局会对申请企业进行现场验收，包括经营场所、仓库的设施设备、布局、经营管理制度等方面。如果验收不合格，企业需要按照要求进行整改，直至符合规定。
4. 审核批准：在完成现场验收后，上海市市场监督管理局会根据规定对申请材料进行审核，审核通过后会颁发三类医疗器械经营许可证。

需要注意的是，上海对三类医疗器械的经营要求较为严格，因此企业在申请许可证时需要符合相关规定并积极配合现场验收。同时，不同企业的具体情况可能有所不同，因此建议在准备相关材料前咨询专业的法律顾问或律师。