新办上海三类医疗器械经营许可证的操作流程和申请指南如下：

操作流程：

1. 准备相关材料：包括营业执照复印件、法人身份证明、生产授权书等，并填写医疗器械经营许可证申请表。
2. 将准备好的材料提交给当地食品药品监督管理局，可以选择现场提交或者邮件、邮寄等方式提交。
3. 等待审核：通常相关部门会在一定时间内对申请进行审核，他们会检查申请人的经营场所、设备等，确保符合相关规定。
4. 审核通过后，按照规定方式领取证：如果审核通过，申请人可以领取许可证。

申请指南：

1. 确定申请类别：根据自身公司情况确定申请类别，是生产企业还是经营企业，或者是第三类生产企业的升级改造。
2. 准备相关材料：根据确定好的申请类别，准备所需的材料。包括但不限于企业营业执照、法定代表人身份证、生产场地平面图、申请表等。
3. 递交材料：可通过窗口、网站递交申请材料。也可电话咨询对应的受理部门具体上班时间、地址以及电话，递交齐全再过去。
4. 等待审批和领取证书：医疗器械经营许可证审批部门对申请材料进行审查，符合条件的，会颁发证书。

请注意查看官方文件，确保准备的材料是齐全和正确的。在办理过程中遇到问题，可以拨打相关电话咨询。