上海新办三类医疗器械经营许可证的流程和申报资料须知如下：

一、流程：

1. 准备并提交申请：根据上海的相关规定，准备申请材料，填写申请表，并将申请材料提交至上海市药品监督管理局。
2. 现场验收：提交申请后，可能会进行现场验收，以核实经营场所的实际条件是否符合相关规定。
3. 审核和审批：经过现场验收后，材料将提交至相关部门进行审核和审批。
4. 领取证书：如果申请通过，您将按照通知要求领取三类医疗器械经营许可证。

二、申报资料须知：

1. 营业执照：您需要提供营业执照复印件以供审核。
2. 组织机构代码证：如果您有办理，需要提供组织机构代码证以供审核。
3. 经营场所证明：需要提供经营场所的证明文件，例如产权证或租赁合同的复印件。
4. 符合要求的设施证明：包括质量管理体系和相应的设施，如储存、验收等设施，以供审核。
5. 申请表：需要填写完整的申请表，并加盖公章。
6. 相关人员的身份证明：需要提供相关负责人员的身份证明，以供审核。

请注意，以上信息可能会根据上海当地法规的变化而变化，建议您在办理前向相关部门咨询，并严格按照最新的规定准备申请材料。