上海申请三类医疗器械经营许可证的流程与资料如下：

流程：

1. 准备相关资料：包括营业执照、法定代表人身份证明、医疗器械经营备案申请书等。
2. 到所在地区的市场监督管理局提交申请：填写《医疗器械经营许可证》的申请表，并上交资料。
3. 提交的资料需要原件和加盖公章，审核人员会进行现场核查。
4. 等待审核：一般15个工作日即可完成审核。
5. 审核通过后，领取三类医疗器械经营许可证。

资料：

1. 营业执照正本原件。
2. 法人身份证原件。
3. 组织机构代码证原件。
4. 法定代表人和法人代表签字并加盖公章的《医疗器械经营许可证申请表》和委托书（代理人办理时需要）。
5. 经营场地、仓库场所的证明文件，经营场地、仓库设施情况说明，租赁合同复印件。
6. 公司章程（投资方出资金额、比例）。
7. 组织机构与部门，包括质量管理人员、仓储设施地址。
8. 经营许可合同。
9. 跨市、跨省、自治区、直辖市经营预包装食品、乳制品（含婴幼儿配方乳粉）等医疗器械相关资质（如果需要）。

以上信息仅供参考，具体流程和所需资料可能会根据上海当地政策有所变化，建议咨询相关部门获取准确信息。