上海新办二类医疗器械备案的流程和材料须知如下：

1. 准备相关材料：包括《第二类医疗器械经营备案申请表》、营业执照复印件、法定代表人或者负责人身份证明原件以及复印件、注册人或者生产企业资质证明（如《医疗器械生产许可证》、生产企业的资格证明等）复印件。同时，需要提交符合要求的质量手册以及程序文件。
2. 将以上材料提交给上海市药品监督管理部门，由上海市药品监督管理部门进行审核。
3. 审核通过后，上海市药品监督管理部门会出具二类医疗器械经营备案凭证。

请注意，以上材料可能需要根据实际情况进行调整，建议办理前咨询相关部门获取准确信息。

此外，还需要注意一些注意事项：

1. 办理周期可能会比较长，因为需要等待市局审批。
2. 办理完成后，需要尽快制作新的宣传资料，做好宣传工作，以便顺利开展业务。同时，需要安排相关人员参加市局组织的培训，确保业务正常开展。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取准确信息。