办理上海地区二类医疗器械备案的流程指南如下：

1. 准备相关材料：包括企业法人营业执照正、副本，税务登记证，代理人身份证等材料。
2. 确定备案人：填写并提交《医疗器械备案申请表》和《医疗器械备案申请企业法人承诺书》。
3. 准备相关材料：根据产品分类，提供电子版产品资料（质量技术文件）。
4. 提交申请：到上海市市场监督管理局（各区市场监督管理局）窗口提交申请，并领取办理结果。

在申请过程中，还需要提交以下具体材料：

1. 《医疗器械生产许可证》和营业执照复印件。
2. 拟办理备案的产品范围、生产地址、生产地址编码等信息。
3. 产品电子版技术资料（质量保证体系、使用说明书）。

整个备案过程需要经过以下环节：企业自查、现场核查、整改问题、再次现场核查。整个过程可能需要数月时间，具体时间视现场核查进度而定。

具体流程可能有所变化，建议咨询相关部门获取更准确的信息。