上海三类医疗器械经营许可证的办理流程可以参考以下步骤：

1. 准备相关材料：包括企业名称、地址、经营范围、法定代表人或负责人身份证明等材料，并填写申请表。
2. 提交申请：将准备好的材料提交到相应的市场监督管理局，并为其提供实体店面和产品样品等。
3. 现场验收：在提交申请后的5-7个工作日内，会有专门的人员进行现场验收，确保企业的申请信息真实有效。
4. 审批发证：如果验收通过，企业将获得医疗器械经营许可证，此时企业即可合法经营。

注意事项：

1. 对于经营场所的要求，生产场地应当满足生产和检验需要，符合相应要求。
2. 对于体外诊断试剂的开办条件，具有与经营规模和经营范围相适应的冷藏设施、设备以及计算机信息管理系统。
3. 企业需要建立较为完善的销售管理制度，具备与经营规模和经营范围相适应的经营场所及仓库设施等。

总的来说，整个流程相对复杂，具体要求可能因实际情况而异，建议咨询相关部门获取具体信息。