上海三类医疗器械经营许可证的申请流程和所需资料如下：

流程：

1. 准备营业执照：申请三类医疗器械经营许可证之前，企业需要获取相关的营业执照。
2. 确定办理形式：医疗器械经营许可证的办理形式有两种，即备案和企业办理相关手续。如果选择备案，则相对简单，如果是企业办理则需要办理三证合一的相关手续。
3. 提出申请：将资料提交到相应的食品药品监督管理局，申请三类医疗器械经营许可证。
4. 现场检查：提交资料并办理相关手续后，企业需要等待检查人员的现场检查，准备相关材料。
5. 审核批准：检查合格后，等待审核批准，领取三类医疗器械经营许可证。

所需资料：

1. 医疗器械经营许可申请表。
2. 工商营业执照。
3. 组织机构图。
4. 经营地址方位示意图。
5. 主要经营范围的证明材料。
6. 租赁合同或相关产权证明。
7. 相关人员身份证、学历、职称证明等复印件。
8. 管理制度及表格。

具体的材料要求可能会根据不同地区和企业的实际情况有所变化，建议咨询相关部门获取准确信息。

以上信息仅供参考，更多信息建议咨询相关部门或者机构。