上海医疗器械经营许可证申请流程如下：

1. 准备相关材料：包括《医疗器械经营企业许可证申请表》和《企业名称预先核准通知书》等所有申请材料的电子版。
2. 将纸质材料提交到相关部门，同时在线提交电子材料。
3. 提交后，需要等待审核。
4. 审核通过后，相关部门会进行现场检查，包括设施设备、库房环境等。
5. 检查通过后，相关部门会进行产品验收，如无问题则可获得医疗器械经营许可证。

所需准备的材料具体包括：

1. 《医疗器械经营企业许可证申请表》所有表格和材料。
2. 《企业名称预先核准通知书》
3. 经营场所、仓库的地址及平面图。
4. 质量管理人员的身份证明。
5. 组织机构和质量管理相关人员信息。
6. 注册地址和仓库地址的证明文件。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能根据上海当地政策进行变化，建议咨询相关部门获取准确信息。