新申请上海二类医疗器械备案的办理流程和材料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括企业资质证明、人员资质、经营场地证明、产品质量承诺书等。
2. 向上海相关部门提出申请并递交相关材料，包括纸质材料和电子版材料。
3. 等待审核结果，如果需要补充材料，按照要求补充即可。

材料：

1. 企业营业执照复印件（加盖公章）。
2. 企业法定代表人、质量负责人的身份证明复印件。
3. 委托他人代为办理的，需提交《授权委托书》及被委托人身份证明。
4. 申请第二类医疗器械经营备案表。
5. 经营场地、仓库场所的证明文件，租赁合同复印件等。
6. 经营设施、设备的证明文件及清单，如房屋产权证明、租赁合同、经营设备清单等。
7. 产品注册/备案证明复印件。
8. 相关质量管理制度，包括《进货查验记录制度》《销售记录制度》等。
9. 其它必要的证明文件和材料。

注意：以上材料需要根据实际情况选择提交，并加盖公章。具体要求可以咨询上海相关部门或机构。完成相关流程后，即可领取二类医疗器械备案证明。

以上信息仅供参考，具体情况可能根据实际需求和情况变化而有所不同，建议咨询相关部门或机构获取具体信息。