上海新设二类医疗器械备案的操作流程指南和条件要求如下：

操作流程指南：

1. 准备相关材料，包括营业执照、法定代表人身份证明、产品风险等级评估报告等，按照上海市场监管系统网站公布的《办事指南》准备即可。
2. 联系上海当地的市、区市场监督管理部门或药品监督管理局，详细咨询关于二类医疗器械备案的具体流程和材料。
3. 按照要求填写申请表格，并将所有材料整理好并提交。
4. 等待审核，如果审核通过，则可以获得二类医疗器械备案证书。

条件要求：

1. 企业必须依法取得营业执照。
2. 企业必须具有与所生产产品相适应的资格证明，如营业执照、法定代表人身份证明等。
3. 企业必须进行产品风险等级评估，并根据评估结果制定相应的生产和管理措施。
4. 企业必须遵守国家法律法规，不存在违法违规行为。

在准备材料时，务必确保所有材料真实有效，并按照《办事指南》准备相关材料。建议咨询当地的市、区市场监督管理部门或药品监督管理局以获取最准确的信息和指导。