申请上海二类医疗器械经营备案凭证的详细流程指南如下：

1. 准备相关材料：根据要求准备相关材料，包括但不限于营业执照复印件、法人代表身份证证明、医用物品的清单和相关资质证明等。这些材料将用于证明企业合规性和产品安全性。
2. 填写申请表格：在线上填写申请表格，并提交给当地的药品监督管理部门。需要注意的是，具体的填写要求会在相关政府网站上公布，按照要求填写即可。
3. 现场核查：提交申请后，主管部门会对企业进行现场核查。这包括对企业的经营场所、设施、人员等进行检查，以确保企业符合相关法规和标准。
4. 审核与发证：如果现场核查通过，主管部门会进行审核，包括对申请材料、现场核查结果的审核。如果审核通过，主管部门会颁发二类医疗器械经营备案凭证，企业即可合法开展相关经营活动。

在整个过程中，建议企业寻求专业法律咨询，以确保所有步骤符合相关法规和标准。具体来说，需注意以下几点：

1. 确保所有材料真实准确，因为虚假材料可能会导致罚款甚至吊销许可证。
2. 按照要求进行经营活动，不得超范围经营。
3. 定期更新和改进经营设施、流程和人员培训，以确保持续符合标准。

此外，也可以考虑关注药品监督管理部门发布的有关二类医疗器械经营备案的相关通知和指南，以获取最新信息和要求。