上海地区二类医疗器械备案在线申请流程资料如下：

1. 《第二类医疗器械经营备案申报表》。
2. 营业执照和法人登记证书。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明。
4. 经营场地、仓库场所的证明文件，租赁合同复印件。
5. 经营设施、设备的证明文件。
6. 管理制度的相关文件。
7. 符合要求的证明文件。

流程如下：

1. 登录上海市市场监督管理局网站，点击“二类医疗器械经营备案”进入申请界面。
2. 填写申请信息并提交，等待审核。
3. 打印申请表并加盖企业公章，将附件材料（身份证、学历或职称证明、场地和仓库证明、经营设施设备证明等）上传。
4. 提交申请后，可进入查询界面，查询备案部门处理情况。

以上信息仅供参考，具体流程和资料可能会因为实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取准确信息。