上海二类医疗器械备案线上办理流程与申报资料如下：

1. 登录上海市行政服务大厅官网，填写企业、法定代表人等信息，提交至系统。
2. 选择“医疗器械”窗口，点击“在线办理”，根据需求办理二类医疗器械备案，按系统提示填写相关资料、上传相关文件，确认无误后提交即可。

申报资料包括：

1. 第二类医疗器械经营备案表和营业执照复印件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
3. 组织机构与部门设置说明。
4. 经营场所、库房地址的地理位置图、平面图。
5. 经营设施、设备及证明文件。
6. 产品清单原件（需要自己书写）、经营质量管理制度文件原件。

需要注意的是，经营范围中涉及需要办理产品注册或者进行备案的情况，应取得相关部门的备案或者注册。此外，上述材料中的复印件需提供加盖公章。

此外，产品在上海市范围内无法提供时，还需提交以下补充材料：明确上海区域内注册的第三方检测机构出具的产品检测报告或确认上海区域内注册的第三方检测机构出具的产品检测报告由上海市外企业法人授权委托人前往办理备案，携带企业授权委托书及委托人身份证原件及加盖公章的复印件。

建议在办理前详细咨询专业人士，确保申报的资料和流程正确无误。