上海网上申报二类医疗器械备案的流程及必备资料如下：

流程：

1. 企业登陆上海市市场监督管理局（上海市药监局）网站，在“二类医疗备案信息采集系统”中填写并提交主体信息和备案产品信息。
2. 确认提交的信息无误后，企业法定代表人或负责人进行电子签章，完成线上提交。
3. 符合备案要求的，上海市药监局将生成备案号和二维码，企业可自行打印并张贴在产品展示使用位置。

必备资料：

1. 营业执照和组织机构代码证书复印件（需要法定代表人签字并加盖公章）。
2. 二类医疗器械生产许可证、经营许可证复印件（如有）。

建议使用企业法定代表人或负责人身份（不要使用销售员身份）登录并申请备案。已经开通微信的企业也可通过微信提交申请。若通过委托第三方办理进行备案的，则还需提交如下材料：第三方代理公司的营业执照复印件加盖公章，医疗器械销售委托书原件并签字、盖章、法人代表签字和加盖公章。同时委托第三方处理退回证明事宜的，需填写并提交“委托书”原件并签字、加盖公章。

如选择由线下窗口递交资料的话需提交纸质资料（申请表格纸质版、营业执照复印件纸质版、承诺书纸质版）及相关证明原件。同时提供医疗器械说明书和标签的样稿及二维码生成模板。这些资料的具体要求可能会因实际情况而有所不同，建议申请者在进行申报前详细查询官方信息或咨询相关工作人员。