上海二类医疗器械备案的办理和报批流程如下：

1. 准备相关材料：包括企业法人相关身份证件、企业营业执照复印件、企业选择预登记的公众号及负责人身份证复印件、以及拟申请产品的注册产品标准文稿等。
2. 填写申请表格：根据自身情况填写《第二类医疗器械经营企业自查报告》，进行自查并确认符合自查条件。
3. 准备完成场地工作：完成企业证照和印章等相关资料的准备，完成企业场地与资料相符的调整工作，确保场地符合所在地的要求。
4. 开展内部自查：根据《医疗器械监督管理条例》《医疗器械经营监督管理办法》等要求，开展内部自查工作并整改。
5. 向所在地设区的市级负责药品监督管理的部门提交申请：提交相应的申请资料，包括预登记的公众号及负责人身份证复印件等。
6. 等待审核结果：等待设区的市级负责药品监督管理的部门审核，审核通过后发放二类医疗器械备案凭证。

在办理过程中需要遵循《医疗器械监督管理条例》《医疗器械经营监督管理办法》等相关法规。具体的办理流程和细节可以咨询当地的药品监督管理部门，以获取最准确的信息。

此外，在办理过程中需要准备以下一些资料：

1. 企业的营业执照复印件。
2. 企业负责人身份证复印件。
3. 拟申请产品的注册产品标准文稿。
4. 预登记的公众号及负责人身份证复印件。
5. 企业的预包装医疗器械产品清单。
6. 企业的质量管理体系认证证书复印件。
7. 企业的办公场地和仓库的租赁合同、产权证明或使用权的证明文件。
8. 企业的场所和设施设备照片。
9. 其他相关证明材料。

请注意保存好相关材料，防止材料丢失或泄露。