上海新办二类医疗器械备案的操作步骤及相关材料如下：

步骤：

1. 准备相关材料。包括《第二类医疗器械经营备案申请材料》以及《营业执照》、《法定代表人或者负责人身份证明》等。

2. 将申请材料提交给上海市行政审批制度改革联席会议办公室，审核通过后会转上海市食品药品监督管理局(或国家药品监督管理局分支机构)受理。

3. 等待审批，一般在3个工作日内完成并作出决定。

4. 审批成功后，就可以领取《医疗器械经营许可证》。

相关材料：

* 《第二类医疗器械经营备案申请材料》，此材料需要包括公司公章及法人签名，证明申请人主体资格的相关文件。
* 《营业执照》: 提交复印件，需要加盖公章。
* 《法定代表人或者负责人身份证明》：提交复印件，需要加盖公章。
* 质量管理人员的相关资料。
* 经营场所、库房等地理位置和周围环境平面图。
* 经营场所、库房等地的产权证明或租赁协议和地理位置图、平面图。

请注意，具体步骤和材料可能根据上海当地政策而有所不同，建议办理前向相关部门咨询。