新办上海二类医疗器械备案申请资料和流程如下：

申请资料包括：

1. 填写完整的《医疗器械备案申请表》。
2. 申请人的营业执照复印件。
3. 质量管理人员的相关证明文件（如学历/职称证书等）复印件。
4. 拟办企业组织机构与人员岗位设置文件。
5. 经营质量管理制度、工作程序等文件目录。
6. 储存设施、设备目录及位置图。
7. 证明企业生产、经营场所符合所在地食品药品监督管理部门有关开办第二类医疗器械经营企业相关要求的证明材料。
8. 委托办理的，应有双方委托书及被委托人身份证明。

申请流程包括：

1. 向上海市市场监督管理局医疗器械监管科提交申请。
2. 填写并提交相关材料，包括备案申请表、营业执照等。
3. 等待审核结果，如果审核通过，将获得上海二类医疗器械备案凭证。

在办理过程中，请注意保持申请材料真实有效，符合法定形式，并对申请事项的法定效力负责。如有疑问，可以咨询相关部门获取更多信息。