上海三类医疗器械经营许可证的办理流程和申请条件如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括企业营业执照、法定代表人身份证明、场地证明等，到食药局申请办理。
2. 填写申请表：食药部门受理申请后，将按照真实情况要求填写申请表格，并提交相应材料。
3. 现场审查：审核通过后，食药部门会进行现场审查，主要检查所经营的产品是否符合国家相关标准规定，以及经营场所和设施是否符合相关要求。
4. 审核通过并颁发许可证：现场审查通过后，食药部门会颁发医疗器械经营许可证，申请人即可完成申请流程。

申请条件：

1. 有合适的经营场所：经营场所应当是符合卫生要求的专用场所，具有足够的面积和高度，能够满足经营和储存产品的需要。
2. 有合格的资质和人员：企业应当具有合格的资质证明和健全的组织机构，同时需要有一支具备相关专业知识、技能和经验的人员队伍，能够满足经营医疗器械的特殊要求。
3. 有符合规定的经营范围：企业应当明确自己经营范围，符合国家相关规定和要求，不得超出许可范围。
4. 满足其他要求：根据国家和地方相关法规规定，可能还有其他一些要求，如办理相关手续、备案、审查报告等。

具体的流程和条件可能因地区而异，可以咨询相关部门或律师以获取更准确的信息。