在上海市申请第三类医疗器械经营许可证，您需要满足以下条件和准备相应的资料：

条件：

1. 依法设立的法人机构或驻沪办事处注册证明。
2. 质量管理人员需要有相关专业学历或者工作经验，并持有证书。
3. 具有与经营范围相匹配的产品知识和管理能力。
4. 拥有与经营规模相适应的面积不少于 200 平方米的储存设施以及储存要求相适应的温湿度监测系统。
5. 建立符合要求的经营管理制度、规程和档案。
6. 需要在经营场所显著位置悬挂相关证照。

资料：

1. 第三类医疗器械经营许可证申请表和现场核查申请表。
2. 法人机构或驻沪办事处注册证明。
3. 质量管理人员的相关学历、证书和经验说明材料。
4. 储存设施和温湿度监测系统的证明材料，包括设施设备购置发票、安装验收证明、平面图等。
5. 经营管理制度和文件资料，包括进货查验、销售管理、售后服务等制度以及相关管理规程。
6. 其他相关材料，如营业执照、申请变更证明等。

具体流程可能因相关部门政策调整而有所变化，建议在申请前咨询相关部门或机构，并按照他们的要求进行申请。同时，可以参考上海市政府公布的申请流程及相关规定。