上海第三类医疗器械经营许可证新办流程和申报资料须知如下：

一、新办流程：

1. 准备并填写申请表和相关材料。
2. 将申请表和所有材料送交给受理部门，提交的资料一定要齐全、准确，申请表内容一定要完整。
3. 等待相关部门对申请进行审批，并审核。
4. 审核通过后，相关部门会颁发医疗器械经营许可证。

二、申报资料须知：

1. 申请表：需要如实填写所有内容的，一定要加盖公章，特别是“意见”栏，必须要明确“申请”或“不同意”。
2. 企业的营业执照：需要在工商管理部门办理，需提交复印件并且需要加盖公章。
3. 质量管理体系相关文件：例如质量管理制度、质量管理人员的工作职责等等，需要提供相关的证明文件，并加盖公章。
4. 受托生产企业的相关证明文件：例如营业执照和生产许可证等。
5. 证明医疗器械安全性有效性所涉及的所有资料：包括临床试验报告、非临床研究报告等。

以上就是新办流程和申报资料须知的所有内容，希望能够帮助到您。请注意，上海医疗器械经营许可证的办理需要一定的时间和人力成本，具体以当地zhengfubumen的通知为准。如有疑问，建议咨询相关部门获取具体信息。