上海网上申请二类医疗器械备案的流程及申报材料如下：

流程：

1. 登录上海市市场监督管理局网站，选择“二类备案信息系统入口”，使用法人账号登录并进行信息备案。
2. 填写相关企业信息和产品信息，并提交至各区市场监督管理部门。
3. 等待区市场监督管理部门审核。
4. 备案材料无异议后，即可领取第二类医疗器械经营许可证。

申报材料：

1. 第二类医疗器械经营备案表（在线填写完整并加盖企业公章）。
2. 企业营业执照复印件（加盖企业公章）。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件（加盖企业公章）。
4. 经营场地、仓库场所的证明文件（加盖企业公章），如房屋产权证明或者租赁协议。
5. 经营场地、仓库布局平面图（加盖企业公章）。
6. 管理制度的相关文件（如质量手册或者内审手册等）。

请注意，以上信息可能有所变动，应关注官方最新消息。在提交申请前，请务必仔细检查和确认申报材料，以免耽误办理手续。同时，建议咨询相关部门获取更详细的信息。