上海二类医疗器械备案流程包括以下步骤：

1. 准备材料。具体包括《第二类医疗器械经营企业备案表》或《第二类医疗器械经营备案表》正本及复印件、企业承诺书、工商营业执照或企业名称预先核准证明、法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件，以及相关人员的学历、职称证明复印件等。注意，复印件应当加盖企业公章。
2. 提交材料。具体包括到所在地设区的市级食品药品监督管理部门提交材料，也可以直接在网上提交，需要在备案平台上传电子版本材料。
3. 审核材料。相关人员会审核你提交的材料，如果发现电子版本材料有问题，会在网上告知；如无问题就会发放纸质版《营业执照》。
4. 领取备案凭证。在材料审核通过后，去食品药品监督管理部门窗口领取备案凭证，至此，完成整个备案流程。

详细的办理指南如下：

1. 确定公司类型：确定公司类型是开办医疗器械经营企业首先需要解决的问题。
2. 提交申请：向所在地设区的市级负责药品监督管理的部门提交申请。
3. 现场验收：申请后，医疗器械监管部门会派人进行现场验收，主要查看公司有没有和经营规模相匹配的常温、冷藏等储存设备等。
4. 审批发放经营许可证：如果验收合格，监管部门会颁发《医疗器械经营许可证》。
5. 登录备案平台填写并提交电子版《第二类医疗器械经营备案表》。

以上流程仅供参考，建议咨询相关部门获取具体信息。