上海二类医疗器械备案流程如下：

1. 确定备案登记机关：上海市共分为南、北两个备案登记机关，分别在浦东、金山设窗口办事点，备案人可自主选择其中一个窗口办理。
2. 准备相关备案材料：具体包括：由申请人签字并加盖企业印章的《第二类医疗器械生产许可证》复印件1份（如有）、与生产产品相适应的生产场地、生产设备、相关生产人员、质量检验机构和验收检验报告等材料，以及工商营业执照原件及复印件（复印件需加盖企业公章）。
3. 提交备案至上海市医疗器械质量监督检验所：具体地址为上海市金山区卫零路988号，该所将对备案人提交的材料进行审查，符合要求的，将予以备案。

备案材料请按要求进行准备，对于不符合要求的材料，备案人需要按照要求进行补充提交。

以上信息仅供参考，如果您还有疑问，建议咨询办理人员，也可寻求相关办理机构帮助。