办理上海医疗器械经营许可证，需要准备以下材料和流程：

一、准备相关材料

1. 预包装产品需提供产品说明书，非预包装产品提供产品目录及产品标签图片。
2. 公司营业执照复印件。
3. 质量管理人的身份证和学历证明。
4. 负责人身份证和学历证明。
5. 房屋租赁合同和房屋产权证等相关材料。

二、向上海市市场监督管理局申请许可证。需要提交的材料包括：

1. 申请书。
2. 申请企业持有的《企业名称预先核准通知书》或《营业执照》复印件。
3. 法定代表人、企业负责人身份证明复印件。
4. 申请企业制定并提交负责质量管理的机构或者人员简历、相关资格证明文件复印件。
5. 申请企业与专业机构签订的合作协议复印件。

三、接受现场审查

1. 医疗器械经营许可证现场审查通常由上海市市场监督管理局负责，包括对申请材料和经营场所的实地审查。
2. 审查人员将检查申请企业是否符合相关法规和规范，包括经营设施、设备是否符合要求，质量管理体系是否健全等。
3. 如果审查人员发现申请企业存在不符合要求的情况，将要求申请企业进行整改或暂停审查。

四、完成审核并领取证书

1. 审核通常分为合格和不合格两种情况。如果申请企业通过了审查，将领取医疗器械经营许可证。
2. 如果申请企业未能通过审查，需要按照审查意见进行整改，并在规定时间内再次提交申请。
3. 如果是重新提交申请，需注意截止日期，以防止错过日期，再次提交申请可能需要重新审议。

请注意，上述步骤可能因政策变化而略有不同，请在实际操作前咨询相关部门或机构，以确保准备的材料和流程的准确性。