上海三类医疗器械经营许可证的办理流程和所需材料如下：

流程：

1. 准备相关材料，包括营业执照、法人身份证明、质量管理体系认证书等。
2. 向上海市市场监督管理局提交申请，并按照要求提交纸质材料和电子版。
3. 等待审核结果，如果审核通过，将获得三类医疗器械经营许可证。

所需材料：

1. 营业执照、税务登记证、组织机构代码证复印件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件。
3. 符合要求的储存条件的证明材料。
4. 经营范围、经营方式说明。
5. 经营场所平面图、使用证明。
6. 申请表格可以从上海市市场监督管理局网站下载或者现场领取，填写时需要注意详细描述医疗器械的经营种类、数量等。

这些是基本的办理流程和所需材料，建议根据实际情况进行调整，具体流程和材料可能需要到相关部门进行咨询。