注册上海二类医疗器械公司备案流程及费用具体如下：

流程：

1. 确定公司名称、经营范围、注册地区以及注册资金。
2. 准备相关材料，例如公司章程、法人及股东的身份信息、授权委托书等。
3. 将材料提交给相关部门，进行审核。
4. 审核通过后，领取受理通知书。
5. 完成验收备案手续，领取医疗器械经营许可证。

费用：

1. 注册公司免费，但需要支付一定的工本费。
2. 行政手续费，一般在几百到1000元左右，具体以地区和申请事项为准。
3. 刻章费用，包括公司公章、法人章、财务章等，根据所选择的材料和工艺而定。

总的来说，整个流程的费用主要集中在注册前期的行政审批费用和注册成立后刻章的费用，其他费用如房租、人工成本等因具体情况而异。备案流程相对简单，主要关注提交材料的完整性和真实性，建议在办理前咨询专业人士以避免不必要的损失。