上海公司二类医疗器械经营备案申请流程、资料及办理时间如下：

1. 流程：
* 提出申请：登陆上海市市场监督管理局（上海市药品监督管理局）网站，填写申请表格并上传有关证明材料。
* 行政许可：药监部门收到申请后，会进行预审，并书面告知是否受理。一旦受理，会指派2名以上的审核员到公司进行现场审核。
* 审核批准：现场审核通过后，将在20个工作日内审批完成，并通过网上系统公布结果。

2. 所需资料：
* 医疗器械经营企业许可证申请表；
* 公司营业执照；
* 公司组织机构与场所的证明；
* 公司经营范围；
* 管理制度；
* 上级医疗器械经营监督管理部门的意见等。

3. 办理时间：周一至周五，全年无休，但具体时间可能会因特殊情况有所调整。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能会因为不同区县、不同公司情况而有所差异，建议到当地市场监督管理局咨询详细信息。