在上海新办医疗器械经营许可证需要准备以下资料和手续：

1. 营业执照复印件。
2. 组织机构代码证复印件。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件。
4. 相关人员培训证书。
5. 房屋产权证明或租赁协议。
6. 经营设施、设备的照片。
7. 经营场所平面布局图。

同时，需要提交以下申请材料：

1. 《医疗器械经营企业许可证申请表》和《企业承诺书》。
2. 上述所有材料汇总清单及电子文档。

提交材料后，相关部门会进行受理。如无补正通知，则审查人员会提出审批意见，并提交决策机构审核。这个过程大约需要30个工作日。

审核通过后，即可领取《医疗器械经营许可证》。具体时间可能会根据不同情况有所不同。

注意：医疗器械销售备案凭证是证明企业合法经营的证明材料，应妥善保管。以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能根据上海实际情况有所变化，建议咨询相关部门获取具体信息。