上海企业进出口权备案的操作流程如下：

1. 到所在地海关办理备案手续，需要提交的材料包括海关登记表、对外贸易经营者备案登记表、海关注册登记证书、企业法人营业执照等。
2. 取得海关备案后，需要向海关申请进出口权，提交的材料包括进出口经营资格证、对外贸易经营者备案登记表、海关注册证书等。
3. 完成海关手续后，需要向出入境检验检疫局办理报检单位备案，并提供企业营业执照、报检联系人的电话和地址等相关信息。
4. 接下来，需要进行报关企业注册登记，包括网上填报和现场提交材料。需要提交的材料包括企业公章、法定代表人身份证原件及复印件、至少一名报关员资格证书等。
5. 完成注册登记后，可以签订代理报关协议，寻找合适的报关行，并取得海关企业编码。
6. 在备案的电子口岸做一次境内调拨备案，并在法人卡下进行。需要将“货物贸易外汇监测系统”中的数据及时录入备案系统或与征信查询关联，在联网查询中找到对应的预录单进行勾选。

在整个过程中需要注意文件资料的的真实性、合法性和完整性，并按照规定的时间和步骤进行操作。同时，需要与海关、检验检疫局、电子口岸等部门保持良好的沟通和合作，以确保进出口权的备案和进出口业务的顺利进行。

以上流程仅供参考，如有需要，建议您咨询上海相关部门工作人员。