初次办理上海二类医疗器械经营备案的流程和详细指南如下：

1. 准备相关材料：主要包括法人身份证、二类医疗器械经营许可证申请表、企业名称预先核准通知书、公司的股东组成和身份证复印件。还需注意，申请表上的申请事项应当包括与申请材料有关的全部信息，如经营产品名称、型号、用途、配置等。
2. 向上海所在地的市、区市场监督管理局进行申报：具体来说，可前往上海市市场监督管理局官网查看“办事指南”进行详细了解，或直接在官网上提交申请。
3. 提交的材料需要加盖企业公章，确保提交材料的真实性和准确性，以防止因材料不真实或不符合要求而导致的申请失败。
4. 等待市场监督管理局的审核和审批：审核通过后，将颁发二类医疗器械经营许可证。

在申报过程中，你可能还会被要求参加培训或面试。具体流程可能会因地区和公司规模有所不同，所以zuihao在申请前咨询相关专业人士，获取详细的信息。同时，准备好所有所需材料，准确、完整地填写申请表，以确保申请过程的顺利进行。