上海新办二类医疗器械经营备案的流程及注意事项如下：

1. 确定公司经营范围，确保包含医疗器械销售等内容。
2. 准备相关材料，包括备案申请表和医疗器械经营企业备案表等。请注意，根据实际情况选择在线填写或线下填写，并确保所有信息真实有效。
3. 前往上海市市场监督管理局官网，下载《二类医疗器械经营备案须知》，并按照要求准备相关材料。
4. 将申请材料提交至上海市市场监督管理局，可以选择现场办理或网上办理。
5. 备案材料被审批通过后，即可领取备案凭证，正式开始经营活动。

注意事项：

1. 确保了解并遵守国家和当地有关法律法规规定，包括医疗器械监管政策、企业注册管理等。
2. 确保所有提供信息的员工了解医疗器械的定义和分类，以及二类医疗器械的范围和销售目的。
3. 妥善保存所有申请材料和医疗器械销售记录，以备未来检查。
4. 在销售过程中，遵守医疗器械安全协议，以确保消费者的权益。
5. 在申请过程中，可能需要提交医疗器械质量管理体系的文档，以确保销售过程的规范和合法。

希望以上信息对您有所帮助，如果您还有其他问题，欢迎告诉我。