上海二类医疗器械备案凭证申报完整资料与流程指南如下：

一、完整资料

1. 上海市医疗器械经营备案表1份(申请企业盖章)。
2. 营业执照复印件1份。
3. 质量负责人任职医疗、卫生专业背景的学历证明1份。
4. 经营设施、设备清单及经营场地平面图复印件各1份。
5. 委托办理的，应提供公证委托书原件及受托人身份证原件及复印件。
6. 申报材料真实性的自我保证声明原件。
7. 跨区变更的应提供相应的工商、税务部门出具的变更证明原件。

二、申报流程

1. 打开上海市食品药品监督管理局官网（http://www.shanghai.gov.cn/），进入主页后点击“医疗器械备案”字样进入填报系统网页入口页面。
2. 根据自身企业类型选择相应的入口进入办理，例如，若是生产企业则选择“二类、三类医疗器械生产”，若是经营企业则选择“二类医疗器械经营”。
3. 根据系统提示填写相关内容，如个人或企业信息、备案表信息等。同时提交相关材料。
4. 提交申请，等待审核结果。
5. 审核通过后，领取备案凭证。

注意事项：在申报过程中请确保所有提交的内容和材料的真实性和准确性，并准备好相关材料，包括但不限于营业执照、税务证明、变更证明等。如发现虚假材料，将面临严厉处罚。申报的具体细节和要求可能因时间阶段、地区等因素而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。