上海申办二类医疗器械备案的整个步骤和准备材料如下：

1. 准备齐全资料：包括《企业法人营业执照》、《法定代表人身份证》、“代理人身份证”（如涉及）等前往上海市局申请办理。
2. 备案内容：确定备案产品的范围，即确定所提供的服务内容和生产能力等。
3. 提交申请：在上海市局官网上填写备案申请表等相关信息，并打印申请表。同时在线上平台提交企业、产品相关证明材料（包括图片等）。
4. 现场提交：将申请材料（加盖企业公章）送至上海市市场监督管理局提交材料，并递交申请。
5. 现场审查：提交申请后，监管人员将进行现场审查，包括对企业生产和经营场所进行检查。
6. 备案完成：如无问题，监管人员将在法定期限内予以备案，并发放备案证书。

所需准备的材料主要包括：

1. 二类医疗器械经营备案表1份（加盖红章）。
2. 企业营业执照复印件（加盖红章）。
3. 企业法定代表人或者负责人资格证明（身份证、任职文件或企业登记文件）复印件（加盖红章）。
4. 委托代理人需提供身份证原件及复印件，以及委托书原件（如涉及）。
5. 注册地址及仓库地址的租赁合同、平面图及相关证明（复印件加盖红章）。
6. 其他相关证明材料（如生产许可证、质量管理体系文件等）。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因为不同地区和市场监管部门的实际要求而有所不同，建议咨询相关部门以获取详细信息。