办理上海市二类医疗器械备案证，需要按照以下流程和资料进行：

1. 准备相关材料：包括企业资质证明、产品注册申请表、产品风险分类评定表、产品技术要求、生产许可相关证明、委托生产协议和注册检验报告等。
2. 提交申请：将材料提交给上海市相关行政部门，并按照要求填写申请表。
3. 等待审查：等待上海市相关行政部门对申请材料进行审核，并进行现场检查。
4. 审核通过并领取证书：如果审核通过，行政部门会发放二类医疗器械备案通知书，并领取证书。

需要注意的是，医疗器械的生产和销售都需要符合国家相关法律法规和标准，因此在申请过程中需要确保所有提交的材料都是真实、准确和完整的。如果有任何虚假或误导性内容，将会面临法律责任。同时，由于不同地区的政策可能存在差异，具体要求可能会有所不同。建议在申请前咨询相关部门或专业机构，以确保符合所有相关规定和标准。