上海二类医疗器械备案代办流程和准备材料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括企业资质证明、地址材料、负责人材料、购销合同等。
2. 向上海相关部门提交申请。
3. 提交完成后，等待审核。
4. 审核通过后，领取第二类医疗器械经营备案证明。

准备材料：

1. 营业执照复印件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
3. 组织机构与部门设置说明。
4. 经营范围、经营方式说明。
5. 经营设施、设备目录。
6. 经营质量管理制度、工作程序等文件目录。
7. 办理人身份证正反面复印件。
8. 承诺书（原件）。
9. 经营场所、库房地址的地理位置图、平面图。

注意事项：

1. 所有材料加盖企业公章（鲜章）。
2. 材料必须真实有效，如材料不实将承担相应法律责任。
3. 具体流程和材料可能根据不同地区有所差异，建议咨询当地相关部门。

如有需要，建议咨询相关部门或机构获取准确信息。