申办上海二类医疗器械备案的步骤及要准备的材料清单如下：

步骤：

1. 提出申请：向所在地设区的市级负责药品监督管理的部门提出二类备案的申请。
2. 提交材料：准备相关材料，具体包括备案申请表以及证明文件（如经营人员的身份证、学历证明或职称证明等）。
3. 等待审批：将材料提交给设区的市级负责药品监督管理的部门进行审核和审批，该部门会进行相关的现场核查。
4. 领取证书：等待审批通过后，领取二类医疗器械经营备案表。

要准备的材料清单如下：

1. 备案申请表：包括企业名称、企业负责人、经营范围等基本信息。
2. 证明文件：包括经营人员的身份证、学历证明或职称证明等。
3. 营业执照或其他相关证照。
4. 经营场所、仓库的地理位置图、平面布局图，相关设备清单。
5. 质量管理体系自查报告。
6. 其他相关材料。

请注意，以上材料仅供参考，具体内容可能会根据实际情况有所变化，建议咨询相关部门获取准确信息。