上海申请二类医疗器械经营备案的流程和所需资料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括《第二类医疗器械经营企业备案表》原件、营业执照复印件、法定代表人或者负责人身份证复印件、股东身份证复印件等。
2. 备案人通过网上或现场的方式提交申请材料。若采用网上申请，需在上海市食品药品监督管理局网站上进行电子申请，并取得受理通知书。若采用现场申请，则向上海市局递交材料。
3. 上海市局在收到申请材料后，会进行形式审查。如果材料有误，则会通知备案人进行补正。
4. 审核通过后，上海市局会颁发二类医疗器械经营备案凭证。

所需材料：

1. 《第二类医疗器械经营企业备案表》原件。
2. 营业执照复印件。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
4. 组织机构与部门设置说明。
5. 经营范围、经营方式说明。
6. 经营场所、储存设施及其布局。
7. 经营设施设备和相关产品清单。
8. 经营质量管理制度、工作程序等文件目录。
9. 经办人身份证明复印件及授权委托书原件。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。